L'empire d'émeraude compte sept grands clans plus quelques clans mineurs. Chacun des sept grands clans descend d'un des enfant d'Amaterasu. Chacun de ces enfant avait des méthodes propres et une façon de voir le monde particulière: leurs descendants ont connu différents évènements qui ont fait que la plupart de ces clans sont devenus des rivaux: les conflits de territoire sont fréquents et reflètent les tensions qui règnent entre les différents clans.
Le clan du crabe a reçu une mission un peu particulière: Hantei, le premier empereur, confia a son frère Hida la mission de protéger les frontières des attaques de Fu-Leng. Les années ont transformé le clan du crabe en un clan extrêmement guerrier et sûr de sa puissance. Les bushi crabes sont réputés pour leur impétuosité et la violence dont ils font preuve au combat, mais aussi pour la formidable force de frappe dont ils disposent. Certains clans évitent de cotoyer les crabes, notamment les phénix, disant, pour expliquer cette méfiance, que les membres du clan du crabe portent la marque de l'outremonde. La plupart des membres du clan du crabe sont fidèles envers l'empereur, mais certains disent que l'empereur actuel n'est qu'un vieux débris, et qu'un Hida serait très bien sur le trône…
Le dragon est le symbole du clan le plus mystèrieux de l'empire. Des l'avènement de Hantei sur le trône, Togashi, l'ancêtre de ce clan, ainsi que ses deux disciples, Mirumoto le bushi, et Agasha la shugenja, partirent pour les montagnes qui se dressent au nord de l'empire. Là, ils firent croître le clan, en lui faisant developper des techniques particuluères, et en gardant ses secrets à l'abris des regards du monde. Ils évitent en général les contacts avec les autres clans, et sont sans doute ceux qui sont le moins impliqués dans les intrigues entre clans. Leurs montagnes sont jalousement gardées, et cet aspect secret ne fait que renforcer les rumeurs qui circulent sur certains guerriers capables de prodiges, tels que cracher le feu. Ils semblent avoir une approche du monde assez philosophique et sont connus pour répondre a une question a l'aide d'une phrase énigmatique, pouvant être interprètée de plusieurs façons…
Le clan de la grue est sans aucun doute celui que l'on méprise le plus, et que l'on envie le plus. Ils ont su, au fil des ans, acquerir un solide pouvoir politique. La plupart des courtisans de la cour impériale sont des membres du clan de la grue. A chaque fois qu'un empereur, ou un puissant personnage d'un autre clan, cherche un épouse, c'est encore au clan de la grue que l'on fait appel. Tous les clans de l'empire savent qu'ils ne pourront jamais atteindre la puissance politque du clan de la grue. On pourrait croire, d'après cela, que ce sont simplement des courtisans mous et incapables de manier le sabre. Il faut cependant savoir que l'école Kakita du clan de la grue est l'école de bushi la plus réputée de l'empire, et ses élèves sont réputés pour être de formidables adversaires et des duellistes hors pair.
Le clan de la licorne a une histoire un peu différente. Après la défaite de Fu-Leng , Hantei laissa sa soeur Shinjo partir explorer les terres qui se trouvent au delà de l'outremonde, avec ses gens. C'était il y a mille ans. Huit cent ans plus tard, le clan de la licorne revint a Rokugan: ils portaient d'étranges armures, montaient des chevaux, et avaient évolué à l'écart de l'empire. Leurs techniques de combat etaient différentes, mais ils n'avaient jamais cessé de servir l'empereur. Ils furent rejetés par beaucoup, car ils ne se comportaient plus exactement comme les seigneurs demeurant à Rokugan. Seuls quelques clans tels que celui de la grue leur firent bon accueil. Ils avaient vu que ayant evolue à l'exterieur, les licornes amenaient avec eux des forces pour combler les faiblesses de l'empire. Encore aujourd'hui, deux cent ans apres leur retour, ils sont toujours rejetés par les clans les plus conservateurs (le lion), mais ils ont aussi su montrer la puissance de leur cavalerie…
Le clan du lion a trouvé sa vocation après le combat qui désigna Hantei comme empereur. Akodo et Hantei étaient les deux derniers adversaires, et le combat s'éternisait. Akodo commença à s'énerver et Hantei retourna l'agressivité de son frère contre lui, triomphant ainsi. Devant l'acte de Akodo, Hantei aurait pu décider de le tuer, mais il lui pardonna et Akodo jura alors qu'il protégerait l'empereur toute sa vie. Le clan du lion a reprit le serment d'Akodo à son compte et protège l'empereur en formant sa garde personnelle. Les membres du clan du lion sont les plus fanatiques et les plus proches de l'idéal du bushido. Ils sont fiers, arrogants, mais courageux et d'un honneur sans faille.
Le clan du Phoenix est le clan des shugenjas et des gardiens du Tao de Shinsei. Lorsque les Kamis rencontrèrent Shinsei, et que ce dernier discuta pendant toute une nuit avec Hantei, Shiba prit en note tout ce que disait le petit homme. Ce furent ces notes-ci qui devinrent le Shintao. Par la suite, Shiba fonda son propre clan, mais si il en prenait la garde, il n'en était pas le plus important. Il dû en effet se plier aux exigences de Isawa, qui était à l'époque, le plus grand shugenja que l'empire connaisse. Les Shugenjas Isawa sont très réputés depuis cette époque. C'est, en partie à cause de cela, un clan de moines et de philosophes, qui se concentrent sur les arts de l'esprit plus que sur les prouesses physiques.
Le clan du scorpion est loin d'être aimé par les autres clans. Il s'est attiré une réputation de traîtrise et de cruauté. Le premier scorpion, Bayushi, se vit attribuer la garde des parchemins qui avaient causé la ruine de Fu-Leng, et ces parchemins devaient être gardés en un lieu secret. Plus tard Hantei confia a Bayushi la mission de le tenir informé sur ce qui se passait dans l'empire et qui n'arrivait pas jusqu'à ses oreilles. Ainsi naquit la vocation du clan scorpion: la recherche des informations. Ils ont depuis developpé, selon leur détracteurs, l'art de la manipulation, de la traîtrise et de découvrir les secrets des autres. Il y a d'ailleurs un proverbe qui dit "Si un homme a un secret, il y a au moins un scorpion qui le connait…"